[Lepiota ochraceosulfurescens] Lepiota ochraceofulva ? Estival, Pyrénées

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sylvain
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Re: [Lepiota ochraceosulfurescens] Lepiota ochraceofulva ? Estival, Pyrénées

Messagepar sylvain » 28 févr. 2018, 06:07

Bonjour à tous !
Andgelo a écrit :Mais quand on regarde entre (par exemple) Paxillus involutus et Paxillus cuprinus, qui sont bien distincts au niveau de l'ADN. Les seules différences sont l'habitat et la présence ou non de dépression sur le sommet de la spore.Tout le monde aurait tendance à dire ''synonymes''. Sans la biomol, on aurait probablement jamais découvert l'existence de la seconde espèce.

Le cas de ce Paxillus me rappelle celui d’un oursin des Kerguelen : à la fin des années 80, un chercheur du Muséum a mis en évidence par électrophorèse une différence significative entre les populations vivant coté au vent et coté sous le vent, sans qu’aucun critère macroscopique puisse permettre de différencier les deux supposées espèces…

N’est-ce pas tout simplement parce que nous oublions volontiers que nous sommes confrontés à un monde vivant en mouvement dans le temps ?
Linné nous a légué un système binominal issu de la conception fixiste : les espèces sont conçues comme définitivement figées !
Normalement, l’apport du Darwinisme aurait dû mettre toute ces espèces en mouvement dans le temps en pulvérisant leur soi-disant stabilité.
Puis vient Gould en 1973 et le niveau 2 du Darwinisme : la théorie des équilibres ponctués. L’espèce est à nouveau stabilisée dans un pool génétique commun à une population, ne dérivant/évoluant qu’au travers d’isolats.
Pour couronner le tout, en Occident, nous avons subit le yoyo des glaciations quaternaires qui ont provoqué une succession rapide d’isolats plus ou moins aboutis… L’embrouillamini de ces successions d’isolements est particulièrement visible chez les insectes et les plantes. Il n’est pas vraiment surprenant que ces mécanismes soient aussi visibles chez les Champignons…

Quand à l’apport de la biologie moléculaire, s’il est indéniable, il ne contribue pas encore à dégager une vision claire du tableau général, car comme dans le cas de la physique quantique, le point de vue de l’observateur influe sur ses conclusions…

Mais il y a beaucoup de gens qui travaillent à apporter de nouvelles données tout azimut qui permettent de situer à présent les organismes dans une perspective temporelle, et c’est là, à mon avis, la plus grande révolution de notre époque !

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Y.Courtieu
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Re: [Lepiota ochraceosulfurescens] Lepiota ochraceofulva ? Estival, Pyrénées

Messagepar Y.Courtieu » 28 févr. 2018, 09:09

Je pense aussi que les choses doivent être très nuancées.
Y a-t-il vraiment des raisons objectives à faire primer l'observation de l'ADN à l'observation macroscopique ? L'un annulerait-il l'autre ?
Un constat comme celui fait par l'ADN des deux Paxillus indiqués par Andgelo doit interroger sur les deux observations faites et tout autant l'une que l'autre.
Dire que l'ADN prouve la distinction de deux espèces qui ne diffèrent que par l'habitat et une dépression au sommet des spores me parait quant à moi prématuré.
Cette thèse peut fort bien traduire la tendance humaine à croire tout révolutionner par de nouvelles connaissances plutôt qu'une réalité profonde qui nous échappe encore et demande à être encore affinée...
N'oublions pas que par exemple plus de 99% du génome du chimpanzé et de l'homme sont identiques et pourtant je n'ai pas encore observé de laboratoire édifié par les chimpanzés pour étudier leurs différences génétiques avec les humains !
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Re: [Lepiota ochraceosulfurescens] Lepiota ochraceofulva ? Estival, Pyrénées

Messagepar castor74 » 28 févr. 2018, 09:56

Je pense comme Yves. La biomol c'est devenu le nouveau jouet des laboratoires, et on pense être enfin arrivé à tout déterminer et tout connaître. Personnellement, je suis méfiant et je ne crois pas au saint Graal. Quel nouvelle technique va-t-on encore trouver dans 5 ou dix ans, pour nous démontrer que finalement, la biomol n'était pas la solution?
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Re: [Lepiota ochraceosulfurescens] Lepiota ochraceofulva ? Estival, Pyrénées

Messagepar Nommo » 28 févr. 2018, 10:13

Bonjour,
Un grand bravo Sylvain, je partage ta vision bien que je n’aurai pas su l’exprimer avec autant de clarté.
Le mystère éternel du monde c’est son intelligibilité.(Einstein,1936).

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Re: [Lepiota ochraceosulfurescens] Lepiota ochraceofulva ? Estival, Pyrénées

Messagepar ghislaine » 28 févr. 2018, 10:49

Bonjour.

Merci pour cette explication claire,
Je suis carrément quelqu'une qui aime la vie à l'ancienne avec des connaissance (assez petites) macro mais je conçois parfaitement que d'autres vives pleinement les sciences actuelles (je ne sais même pas ce qu'est biomol) continuer ces recherches est bien, mais ma pensée est qu'ils veulent trop vite faire une nouvelle classification alors que tout est incertain encore, ils précipitent les choses et pourquoi faire, prendre le temps est aussi une qualité scientifique.
Quand je pense aux millions d'années qu'il a fallu au dit champignons pour être ce qu'ils sont, on pourrait attendre quelques années de plus pour savoir leurs noms exact. :redface:
J'ai dit. :clindoeil:

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Kairos
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Re: [Lepiota ochraceosulfurescens] Lepiota ochraceofulva ? Estival, Pyrénées

Messagepar Kairos » 28 févr. 2018, 16:18

Y.Courtieu a écrit :N'oublions pas que par exemple plus de 99% du génome du chimpanzé et de l'homme sont identiques et pourtant je n'ai pas encore observé de laboratoire édifié par les chimpanzés pour étudier leurs différences génétiques avec les humains !


En fait, ce chiffre est trompeur à plus d'un titre. C'est en réalité 98% (pas 99) de notre "ADN codant" qui est similaire à celui des chimpanzés. Comme l'ADN codant ne représente qu'environ 1,5% de l'ensemble de notre ADN, c'est 98% de ces 1,5% qui est similaire à celui des chimpanzés. On a longtemps appelé l'ADN non-codant "junk ADN" car on n'en comprenait pas le rôle, donc on ne s'est pas amusé à le comparer à celui des autres espèces. Maintenant, on commence à comprendre que même si ça ne code pour aucune protéine, ça n'est pas pour autant totalement passif.
Pour qu'une bombe atomique soit efficace, il faut viser entre les deux yeux (Cavanna).

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Re: [Lepiota ochraceosulfurescens] Lepiota ochraceofulva ? Estival, Pyrénées

Messagepar Andgelo » 28 févr. 2018, 18:08

Y.Courtieu a écrit :Il y a-t-il vraiment des raisons objectives à faire primer l'observation de l'ADN à l'observation macroscopique ? L'un annulerait-il l'autre ?


Pourquoi choisir entre les deux ? Elles sont complémentaires. :rolleyes:

Y.Courtieu a écrit :Dire que l'ADN prouve la distinction de deux espèces qui ne diffèrent que par l'habitat et une dépression au sommet des spores me parait quant à moi prématuré.


L'ADN ne prouve pas, l'ADN soutient la distinction.

Et pourquoi ce serait prématuré ? Tu crois qu'il faut au minimum 5 ou 6 différences pour en faire une espèce ?
Ou alors crois-tu que certains caractères sont plus valables que d'autres. Que nenni ! Que ce soit la micro, la taille, la couleur, l'habitat, tout est susceptible de varier et justement cette variation n'est pas la même suivant les espèces.

Et que penser de Psathyrella candolleana qui semble regrouper 4-5 espèces non séparables sur le terrain (même avec la micro). C'est l'évolution...

Après, ce n'est que mon humble avis.

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Jplm
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Re: [Lepiota ochraceosulfurescens] Lepiota ochraceofulva ? Estival, Pyrénées

Messagepar Jplm » 28 févr. 2018, 19:04

Bonsoir,

Je n'avais pas l'intention de déclencher un nième débat philosophique sur la biomol mais apparemment c'est fait. Pour Ghislaine, la biologie moléculaire est une science qui utilise entre autres le séquençage de l'ADN et c'est essentiellement ça, je pense que tu l'avais compris, dont il est question. Le séquençage ADN, dont personne de sérieux ici ne conteste l'apport, permet de classer les espèces par rang de proximité dans l'arbre de l'évolution et a effectivement permis d'établir que l'homme est plus proche du chimpanzé que de l’huître, ce qu'un simple test de QI sur certains échantillons ne permet pas toujours d'affirmer.

Ma question cherchait seulement à pointer du doigt que pour dire que telle espèce est A ou B (ou plus proche de A que de B), il fallait que l'espèce A et l'espèce B aient été séquencées au préalable - et à demander dans ce cas sur quels échantillons cela se faisait, sachant que les holotypes sont inexistants ou inexploitables pour nombre de taxons publiés aux 18ème ou 19ème siècle. Andgelo a répondu ce qu'il savait mais je vais continuer à creuser cette question qui me turlupine.

Une question corollaire est de savoir ce qu'on fait si l'espèce étudiée, supposons toujours celle de Sylvain, s'avère n'être ni vraiment A ni vraiment B. Sachant que ce n'est pas (encore) le séquenceur qui décide, c'est celui qui analyse le résultat. Combien de mycologues en France ont cette compétence ? Et quelles sont les règles ? Faut-il automatiquement créer une espèce C (Lepiota sylvainii) ? Quels sont les critères de différentiation pour décider qu'il s'agit d'une espèce différente, voire d'un genre différent (pas de bol, Sylvain, ça vient de devenir Lepiotopsis sylvainii) ? Bref, beaucoup de questions pour nous autres.

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Re: [Lepiota ochraceosulfurescens] Lepiota ochraceofulva ? Estival, Pyrénées

Messagepar castor74 » 28 févr. 2018, 19:18

ADN ou pas, rien n'est figé et ne le sera sans doute jamais. La plupart des passionnés, ici, chercheront toujours à arriver en haut de l'arbre, ou du moins le plus près possible du sommet. En ce qui me concerne, je pense qu'une branche intermédiaire, suffisamment solide, me permettra d'admirer le paysage et que ce dernier me conviendra probablement assez pour ce qu'il me reste sur terre. Je peux lorgner en haut de temps en temps, mais avec l'âge ça fait mal aux vertèbres. Regarder en bas fait moins mal... :clindoeil:
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Re: [Lepiota ochraceosulfurescens] Lepiota ochraceofulva ? Estival, Pyrénées

Messagepar Y.Courtieu » 28 févr. 2018, 19:27

Kairos a écrit :
Y.Courtieu a écrit :N'oublions pas que par exemple plus de 99% du génome du chimpanzé et de l'homme sont identiques et pourtant je n'ai pas encore observé de laboratoire édifié par les chimpanzés pour étudier leurs différences génétiques avec les humains !


En fait, ce chiffre est trompeur à plus d'un titre. C'est en réalité 98% (pas 99) de notre "ADN codant" qui est similaire à celui des chimpanzés. Comme l'ADN codant ne représente qu'environ 1,5% de l'ensemble de notre ADN, c'est 98% de ces 1,5% qui est similaire à celui des chimpanzés. On a longtemps appelé l'ADN non-codant "junk ADN" car on n'en comprenait pas le rôle, donc on ne s'est pas amusé à le comparer à celui des autres espèces. Maintenant, on commence à comprendre que même si ça ne code pour aucune protéine, ça n'est pas pour autant totalement passif.

On ne comprend donc pas encore très ben le rôle de 98,5 % de l'ADN. Mais on tire quand même toutes sortes de conclusions... J'ai la faiblesse de penser que c'est prématuré :clindoeil:
Andgelo a écrit :Pourquoi choisir entre les deux ? Elles sont complémentaires. :rolleyes:

Je suis bien d'accord sur cette complémentarité. C'est pourquoi l'un doit interroger l'autre et inversement, c'est ce que j'ai dit et je n'ai pas dit qu'il fallait choisir.
Par contre, quand on dit que des Psathyrella candolleana indistinctes macroscopiquement pourraient recouvrir plusieurs espèces, alors il me semble que l'on se dirige bel et bien vers le choix de l'ADN au détriment du choix macroscopique. Est-ce prudent ? Là encore j'ai la faiblesse d'émettre des doutes.
Andgelo a écrit :L'ADN ne prouve pas, l'ADN soutient la distinction.

Et pourquoi ce serait prématuré ? Tu crois qu'il faut au minimum 5 ou 6 différences pour en faire une espèce ?
Ou alors crois-tu que certains caractères sont plus valables que d'autres. Que nenni ! Que ce soit la micro, la taille, la couleur, l'habitat, tout est susceptible de varier et justement cette variation n'est pas la même suivant les espèces.


Je ne crois rien de spécial. J'ai simplement l'impression que cette évolution, nécessaire, n'en est qu'à ses débuts et que l'on manque de prudence lorsque l'on avance certaines conclusions, notamment sur ce qu'est une espèce, à partir de choses que l'on commence seulement à découvrir.
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Re: [Lepiota ochraceosulfurescens] Lepiota ochraceofulva ? Estival, Pyrénées

Messagepar Jplm » 28 févr. 2018, 19:50

Y.Courtieu a écrit :
Andgelo a écrit :Tu crois qu'il faut au minimum 5 ou 6 différences pour en faire une espèce ?
Ou alors crois-tu que certains caractères sont plus valables que d'autres. Que nenni ! Que ce soit la micro, la taille, la couleur, l'habitat, tout est susceptible de varier et justement cette variation n'est pas la même suivant les espèces.


Je ne crois rien de spécial. J'ai simplement l'impression que cette évolution, nécessaire, n'en est qu'à ses débuts et que l'on manque de prudence lorsque l'on avance certaines conclusions, notamment sur ce qu'est une espèce, à partir de choses que l'on commence seulement à découvrir.

On en revient exactement à la question que je posais, c'est à dire à la notion d'espèce, de genre etc. À partir de combien de nucléotides ou de poils de zizi différents décide t-on qu'il y a nouvelle espèce ? Je ne peux pas croire que des gens plus savants que nous ne se soient pas déjà posé la question, je me souviens d'un très intéressant commentaire de Guillaume. Tout texte à ce sujet peut enrichir ce débat, plus que les éternelles considérations sur les noms qui changent, même si (à propos de poils justement) c'est horripilant.

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Re: [Lepiota ochraceosulfurescens] Lepiota ochraceofulva ? Estival, Pyrénées

Messagepar castor74 » 28 févr. 2018, 19:56

Je veux bien croire que lorsque 2 ou 3 caractères importants diffèrent, on peut alors parler d'espèce différente. Encore faut-il se mettre d'accord sur ces caractères, et aussi décider s'ils sont suffisamment importants pour décréter que l'on a affaire à une espèce différente. Une russule qui a les lames jaunes et une chair douce ne peut en effet pas être la même qu'une espèce qui a des lames blanches et qui est âcre.
Mais par contre, dire que parce qu'il y a du rose d'un côté du stipe, on n'a pas la même espèce alors que tous les autres caractères sont identiques, ça passe moins bien. Moi, j'y vois la variabilité intra-spécifique, rien de plus...
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Re: [Lepiota ochraceosulfurescens] Lepiota ochraceofulva ? Estival, Pyrénées

Messagepar Jean Paul » 12 juin 2018, 23:47

sylvain a écrit :Le cas de ce Paxillus me rappelle celui d’un oursin des Kerguelen : à la fin des années 80, un chercheur du Muséum a mis en évidence par électrophorèse une différence significative entre les populations vivant coté au vent et coté sous le vent, sans qu’aucun critère macroscopique puisse permettre de différencier les deux supposées espèces…


Bonjour à tous
Je remonte cette discussion juste pour préciser que les 4 représentants du sous-genre Paxillus en Europe (involutus, obscurisporus, ammoniavirescens et cuprinus) sont parfaitement identifiables sur le terrain avec une excellente probabilité. En cela, leur identification n'est ni plus ni moins difficile qu'avec des espèces classiques que l'on connait bien. C'est surtout la nouveauté qui effraie. Il faut simplement tâtonner au début comme avec la majorité des genres de macromycètes avant de les avoir bien intégrés.
Comme votre discussion touche beaucoup à la notion d'espèce, il est bon de préciser que les résultats de biologie moléculaire sont en parfaite adéquation (dans les cas ou cela a été testé) avec la notion d'espèce biologique obtenu par confrontation des mycélium primaires. Il est heureux que dans la majorité des cas des caractères le plus souvent nets permettent de bien distinguer les espèces ainsi séparées. Quel défi pour le mycologue de chercher les différences entre deux lots séparés par la biologie moléculaire! Nous devrions tous nous réjouir de toucher au plus profond la diversité du vivant, découvrir des espèces nouvelles et compléter cette biodiversité tant menacée.

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Re: [Lepiota ochraceosulfurescens] Lepiota ochraceofulva ? Estival, Pyrénées

Messagepar Y.Courtieu » 13 juin 2018, 07:31

Jean-Paul a écrit : Bonjour à tous
C'est surtout la nouveauté qui effraie...
Nous devrions tous nous réjouir de toucher au plus profond la diversité du vivant, découvrir des espèces nouvelles et compléter cette biodiversité tant menacée.

Il est étrange que le moindre scepticisme exprimé reçoive toujours pour réponse... ce genre de réflexion ! Le doute deviendrait-il quelque chose de non admis en mycologie ?
Je suis désolé d'avoir à dire que je ne suis nullement "effrayé" par la nouveauté et aussi que je n'ai aucun mal à me réjouir des avancées apportées par la biologie moléculaire. Je ne mets nullement en cause l'idée de poursuivre les recherches faites dans ce domaine et de s'en réjouir...

Simplement je doute encore et même beaucoup de la validité profonde de ses conclusions, dont j'ai vraiment l'impression qu'elles sont encore pour une large part, prématurées. Il me parait même très étrange qu'on fasse de celle-ci quelque chose qui "prouve" quoi que ce soit, comme si le vivant était devenu mathématique, depuis que la biologie moléculaire existe... N'est-ce pas, dans ce cas, la nouveauté qui séduit trop ? ... pour paraphraser la réflexion de Jean-Paul :clindoeil:

Pour bien me faire comprendre, il en est de même dans un autre domaine qui m'intéresse et qui est l'astronomie. Depuis des années on admet l'existence d'une matière noire que depuis des années on ne trouve pourtant pas. Eh bien je me permets d'émettre l'hypothèse ... qu'elle n'existe pas. Cela veut-il dire que je serai "effrayé " par son existence ? Désolé, je ne vois pas le rapport ... et cela ne signifie nullement qu'il faudrait arrêter de se réjouir des recherches menées à son sujet, qui sont plus que légitimes !
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Re: [Lepiota ochraceosulfurescens] Lepiota ochraceofulva ? Estival, Pyrénées

Messagepar Jean Paul » 13 juin 2018, 14:22

Y.Courtieu a écrit :Simplement je doute encore et même beaucoup de la validité profonde de ses conclusions, dont j'ai vraiment l'impression qu'elles sont encore pour une large part, prématurées. Il me parait même très étrange qu'on fasse de celle-ci quelque chose qui "prouve" quoi que ce soit, comme si le vivant était devenu mathématique, depuis que la biologie moléculaire existe... N'est-ce pas, dans ce cas, la nouveauté qui séduit trop ? ... pour paraphraser la réflexion de Jean-Paul :clindoeil:

Pour bien me faire comprendre, il en est de même dans un autre domaine qui m'intéresse et qui est l'astronomie. Depuis des années on admet l'existence d'une matière noire que depuis des années on ne trouve pourtant pas. Eh bien je me permets d'émettre l'hypothèse ... qu'elle n'existe pas. Cela veut-il dire que je serai "effrayé " par son existence ? Désolé, je ne vois pas le rapport ... et cela ne signifie nullement qu'il faudrait arrêter de se réjouir des recherches menées à son sujet, qui sont plus que légitimes !


Bonjour à tous
Le doute, bien sûr, c'est le début de la sagesse… Je ne suis pas spécialisé dans la biologie moléculaire, qui est arrivée alors que j'avais déjà 20 ans de mycologie derrière moi, mais je côtoie et travaille avec ceux qui la manipule et qui sont aussi des naturalistes. Le scepticisme est permis partout, mais je ne voie ici aucune différence dans les applications entre ce nouvel outil et les états morphologiques du vivant. Autrement dit je devrai douter de la même façon de la taille des spores, de l'écologie, des réactions chimiques sur la chair,... La taxonomie peut mettre la clé sous la porte. Quant à la matière noire, sensée permettre la cohérence des systèmes galactiques, je ne vois pas trop ce qu'elle vient faire ici. Elle demeure invisible, indécelable et attend simplement sa validation (ou son infirmation), ce qui ne semble pas être pour demain.
Cela dit, je pense qu'un débat est nécessaire et que les mycologues qui utilisent les outils modernes devraient expliquer clairement la façon dont ils opèrent pour rendre plus crédibles les résultats.


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