Quelle référence pour Champis.net ?

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Fifi
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Quelle référence pour Champis.net ?

Messagepar Fifi » 25 août 2016, 11:35

Salut à tous,

de retour sur le forum après quelques jours de vacances... J'ouvre un débat qui j'espère sera animé tout en restant courtois. En consultant les sujets développés durant mon absence, je vois que l'éternelle chamaillerie concernant les noms d'espèces continue.

Et je vois aussi que selon l'auteur du sujet, chacun choisi le nom d'espèce qui lui sied le mieux... et on retrouve des noms différents pour une même espèce d'un sujet à l'autre (comme par exemple le Caloboletus calopus de Riri, alors que jusqu'à maintenant, nous renommions Boletus calopus).

Pour plus de cohérence, je pense qu'il est grand temps de convenir, une fois pour toute, d'un référentiel accessible à tous pour les noms d'espèces. Le premier référentiel qui me vient à l'esprit est, francophonie oblige, le référentiel national.

Qu'en dites-vous ?
L'amanite phalloïde a mauvaise réputation.
C'est pourtant l'un des rares champignons qui soit capable d'abréger les souffrances des myopathes.
Pierre Desproges

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Did 70
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Re: Quelle référence pour Champis.net ?

Messagepar Did 70 » 25 août 2016, 13:59

Bonjour , pour moi Caloboletus calopus , c'est ni plus ni moins que de la masturbation mentale et comme j'ai passé l'âge de me masturber , cela fait plaisir qu'a son auteur !!!!!de se faire un nom dans l'histoire de la mycologie !!!!!!!! :lol:

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Fouad
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Re: Quelle référence pour Champis.net ?

Messagepar Fouad » 25 août 2016, 14:21

Bonjour,
Je pense qu'on peut nommer nos champignons comme ils le sont dans la majorité des livre édités jusqu'à maintenant, c'est à dire dans les années 2000. Il est bien sûr utile de donner son nouveau nom selon les nouvelles classifications; qui parfois sont encore en chantier... :clindoeil:

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Jplm
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Re: Quelle référence pour Champis.net ?

Messagepar Jplm » 25 août 2016, 14:24

Bonjour à tous,

Aborder un aussi chaud débat par une aussi chaude journée, fallait oser. Enfin, je me lance (et je vais essayer de rester courtois et surtout pas vulgaire !).

Le référentiel national INPN a certes pour lui d'être national, il va donc lister les espèces que l'on trouve en France (et avec un peu de chances dans les pays limitrophes) et ceci sur un site francophone. Cela étant dit, en matière taxinomique, qu'il s'agisse de mycologie ou des sciences de la vie en général (car ici on parle aussi bien de fleurettes que de ratons-laveurs), la nationalité n'est absolument pas un critère, on est par nature dans un domaine multinational et c'est bien pour ça qu'on y conserve le latin.

En outre, ce référentiel est-il alimenté et/ou supervisé par des mycologues ? Si on la veut nationale, pardon à nos fondateurs suisses, notre référence ne devrait-elle pas plutôt être la Société Mycologique de France ? Oui, mais vers quoi nous renvoie t-elle... le référentiel national : http://www.mycofrance.fr/publications/referentiel-national-taxref/.

J'ai téléchargé celui-ci, la version 9. C'est un fichier txt, que pour rendre lisible il vaut mieux importer ensuite sur une feuille Excel. Il faut ensuite y geler la ligne de titres et y placer des filtres pour pouvoir sélectionner par exemple Fungi/Basidiomycètes/Boletacées (je cherchais le fameux calo-calo). On trouve dans ce fichier beaucoup d'infos inutiles pour nous (il suffit de supprimer les colonnes) mais en revanche il n'y a pas de colonne pour le genre ou l'espèce, c'est accolé en nom binomial, ce que je trouve gênant parce qu'en l'occurrence c'est toujours sur le genre que nous avons des débats. Même chose sur le site INPN lui-même, la recherche n'est pas aisée, la recherche par calopus (je suppose toujours qu'on veut savoir le genre) donne en vrac une foultitude de résultats, bref soit il y a une manière plus intelligente de s'en servir (Fifi dis-la nous), soit ce n'est pas très convivial.

Autre chose, sur le site INPN, si on va directement à Boletus calopus, on trouve une liste de synonymes très réduite où ne figure pas Caloboletus, inconnu au bataillon. Ne parlons pas de la bibliographie qui ne cite que des ouvrages de Courtecuisse !

Je me sers depuis des années d'Index Fungorum, ça ne prétend pas donner une "fiche descriptive" (vide sur INPN) ni une bibliographie mais c'est autrement complet en matière de synonymes. Le référentiel national montre lui hélas toutes les limites du national dans notre pays : grosses ambitions, petits moyens. En revanche beaucoup trouveront Index Fungorum ou Mycobank trop à l’affût des dernières publications anglosaxonnes.

D'autres idées ? Et là je reviens vers nos amis suisses, que font-ils chez eux ?

Jplm



PS : on pourrait créer deux zones de retitrage : la zone actuelle où on mettrait ce qu'on a envie, par exemple "[Boletus calopus] Il est beau mon bolet", et une deuxième où on mettrait uniquement le nom binomial officiel du moment, en l'occurrence "Caloboletus calopus", sachant que cette zone devrait sans arrêt être mise à jour par les administrateurs, par exemple le jour ou Caloboletus calopus va devenir Xeroleccinosuillela calopa.
Jean-Pierre Lachenal-Montagne

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Re: Quelle référence pour Champis.net ?

Messagepar castor74 » 25 août 2016, 14:47

Bonjour à tous, j'ai bien peur que l'on n'arrive pas à un consensus sur ce sujet. Entre les suivistes compulsifs qui ne jurent que par les nouveaux noms (tout ce qui est nouveau est beau et juste) et ceux qui, comme moi, ont la hantise des noms qui valsent, je ne vois comme juste milieu que l'utilisation du nom qui convient à celui qui poste le sujet, en l'obligeant (quel vilain mot...) à mettre en seconde position le nom «officiel» de l'espèce en question. Ça va conduire évidemment chaque utilisateur du forum à faire des recherches pour «capturer» – avant qu'il ne change – le beau et tout nouveau nom en vigueur, mais bon... :cri:
http://www.francini-mycologie.fr/index.htmlMyco-botaniste passionné!Nikon D90 - F-S DX 18-200 mm f:3,5/5,6 G ED VRII - AF-S Nikkor 105 mm macro f:2.8 G ED - Micro Nikkor 60 mm f:2.8

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Re: Quelle référence pour Champis.net ?

Messagepar Jean Pierre » 25 août 2016, 16:37

Bonjour,

Ouf, l'été sera décidément très chaud.
castor74 a écrit :Bonjour à tous, j'ai bien peur que l'on n'arrive pas à un consensus sur ce sujet.

Avec un peu de bonne volonté, ce doit être possible.
Quitte à utiliser un fichier, le référentiel national me parait le plus logique. C'est je crois, celui utilisé par Mycodb. Ma société myco l'utilise aussi ainsi qu'un vieux fichier de l'AMO, qui ma fois n'est pas si démodé malgré son ancienneté.
Jplm a écrit :Autre chose, sur le site INPN, si on va directement à Boletus calopus, on trouve une liste de synonymes très réduite où ne figure pas Caloboletus, inconnu au bataillon. Ne parlons pas de la bibliographie qui ne cite que des ouvrages de Courtecuisse !

Pas étonnant puisque c'est lui qui gère le projet.

Ceci étant dit, comme le dit JPLM, il n'est pas simple d'utilisation et je ne suis pas sur que beaucoup s'en servirons.
Le forum étant fréquenté par des mycologues amateurs et des néophytes, il me semble judicieux d'employer des noms qui puissent être retrouvés facilement dans les ouvrages courants et je pense que la proposition de Fouad est pleine de bon sens.

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Re: Quelle référence pour Champis.net ?

Messagepar castor74 » 25 août 2016, 16:49

Moui... On pourrait utiliser le GEPR par exemple... quitte à mécontenter certains... L'avantage c'est que quasiment tout le monde doit l'avoir sous la main? :razz:
http://www.francini-mycologie.fr/index.htmlMyco-botaniste passionné!Nikon D90 - F-S DX 18-200 mm f:3,5/5,6 G ED VRII - AF-S Nikkor 105 mm macro f:2.8 G ED - Micro Nikkor 60 mm f:2.8

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Re: Quelle référence pour Champis.net ?

Messagepar Jplm » 25 août 2016, 17:37

castor74 a écrit :Moui... On pourrait utiliser le GEPR par exemple... quitte à mécontenter certains... L'avantage c'est que quasiment tout le monde doit l'avoir sous la main? :razz:

Et qu'est-ce qu'on fait pour les espèces qui n'y figurent pas ? Il faut un second niveau, INPN par défaut ? Cela dit, ce n'est pas sur le genre Extrawettsteinina (oui, y a un gars qui a donné ce nom) que portent généralement les débats mais sur ceux des espèces courantes.

Pour autant, une fois encore, quel que soit le référentiel utilisé, il sera amené à évoluer : il y aura une nouvelle édition du GEPR ou un nouveau livre qui fera autorité dans 10 ans, l'INPN mettra en ligne son xième référentiel, Index Fungorum aura trouvé le 70ème nom de Boletus edulis etc. C'était l'idée d'une 2ème case titre qui pourrait évoluer avec le temps indépendamment de l'auteur d'origine du sujet. Mais qui la mettra à jour ? Quand on voit la difficulté de tenir à jour les fichiers des entreprises ou des administrations, il y a aucune chance qu'un fichier géré par des amateurs de passage comme nous soit jamais à jour, il faut peut-être se contenter de l'imperfection.

Jplm
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Re: Quelle référence pour Champis.net ?

Messagepar Fifi » 26 août 2016, 09:49

Fouad a écrit :Je pense qu'on peut nommer nos champignons comme ils le sont dans la majorité des livre édités jusqu'à maintenant, c'est à dire dans les années 2000.
Cette solution, même si elle peut paraître consensuelle, est insuffisante : aucun livre ne propose un éventail aussi large d'espèces que ne le font les sites internets que l'on connait. Comment ferions-nous pour les espèces qui ne sont dans aucun de ces livres ?
De plus cela ne fait que déplacer la question : quel(s) guide(s) utiliser comme référence ? Quand on voit que le GEPR présente les genres Gymnopus et Rhodocollybia alors que le Courtecuisse en reste au genre Collybia, on se retrouve face au même problème...
Ajoutons aussi qu'il me semble important que notre référence soit accessible au plus grand nombre et tout le monde ne dispose pas d'un livre ou guide mycologique récent. Une référence sur internet me semble donc plus appropriée.

Jplm, à propos du référentiel national, Inventaire National du Patrimoine Naturel - INPN, il inventorie les espèces de France et DOM-TOM, il est effectivement géré par Régis Courtecuisse et c'est la même chose que le fichier .txt que tu utilises.
Concernant ta question sur le moteur de recherche, pour rechercher ton calopus sans prendre en compte le genre : sélectionnes d'abord "Basidiomycètes" dans le champ "Groupe d'espèces" puis "calopus" dans le champ "Nom Latin ou Vernaculaire", tu obtiens plusieurs propositions de genre :
INPN.jpg
INPN.jpg (233.81 Kio) Vu 1919 fois


castor74 a écrit :je ne vois comme juste milieu que l'utilisation du nom qui convient à celui qui poste le sujet, en l'obligeant (quel vilain mot...) à mettre en seconde position le nom «officiel» de l'espèce en question.
Mais une fois encore, cela ne fait que déplacer la question... Quelle référence pour ce nom "officiel" ?

Ne compliquons pas les choses en donnant deux noms sur le titre des sujets, le plus simple, il me semble, sera de choisir une référence accessible sur internet, un site d'inventaire comme nous les connaissons :
Indexfungorum, Mycobank, INPN... et d'autres encore :

Catalogue of Life qui se base sur Species Fungorum

J'ai un faible pour EOL - Encyclopedia of life qui renvoie à plusieurs bases de données internationales.

Jean Pierre a écrit :Quitte à utiliser un fichier, le référentiel national me parait le plus logique. C'est je crois, celui utilisé par Mycodb.
C'est aussi ce que je croyais... mais sur MycoDB il y a les genres Gymnopus et Rhodocollybia, absents du référentiel (sauf en synonymes). Du coup, je ne sais plus à quoi ils se réfèrent.


Mais ne nous leurrons pas, comme le dit Jplm, il faut savoir se contenter de l'imperfection. Il n'est pas question d'être à la pointe de la nomenclature, c'est trop lourd à gérer et peu accessible aux amateurs et débutants.
Je vous propose de choisir parmi les sites évoqués :


(si vous en avez d'autres à proposer...)
L'amanite phalloïde a mauvaise réputation.
C'est pourtant l'un des rares champignons qui soit capable d'abréger les souffrances des myopathes.
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Re: Quelle référence pour Champis.net ?

Messagepar castor74 » 26 août 2016, 09:59

Je propose Mycobank... car il faut bien en choisir un. :clindoeil:
http://www.francini-mycologie.fr/index.htmlMyco-botaniste passionné!Nikon D90 - F-S DX 18-200 mm f:3,5/5,6 G ED VRII - AF-S Nikkor 105 mm macro f:2.8 G ED - Micro Nikkor 60 mm f:2.8

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Re: Quelle référence pour Champis.net ?

Messagepar Pierre Jancloes » 26 août 2016, 12:21

Bonjour,
Est-ce par habitude mais MycoBank ou index fungorum sont les bases de données que je préfère.L' INPN, par exemple ne mentionne pas encore, " Russula erythrocephala" de notre amis Laurent Francini,sauf erreur de manipulation de ma part.
Cordialement.

Pierre.

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Re: Quelle référence pour Champis.net ?

Messagepar Jplm » 26 août 2016, 13:33

Bonjour,

Ne nous hâtons pas de choisir, nous avons vécu sans référentiel pendant des années. Réfléchissons bien avant de nous enfermer.

J'ai testé calopus comme exemple sur diverses bases :

- Index fungorum / Species fungorum donne très vite toutes les espèces ayant cette épithète et indique leurs familles, il suffit de cliquer sur une qui est une boletacée et ça indique que son current name est Caloboletus calopus, en listant tous les synonymes avec les dates et les auteurs.
- Mycobank liste 25 espèces ayant cette épithète dont 24 qualifiées de legitimate, par ordre alphabétique, sans indication de la famille, avec des dates mais sans hiérarchisation. Laquelle choisir ? Boletus calopus est ok, Caloboletus calopus aussi. Si l'utilisateur opte pour la publication la plus récente, il choisira celle-ci mais s'il n'y connait pas grand chose et se contente du premier de la liste, nous aurons Agaricus calopus. Encore une chance qu'Amanita calopus soit trois lignes plus loin. Pas assez directif pour l'usage qu'on veut en faire à mon avis.
- Encyclopedia of Life, on arrive assez vite à Boletus calopus et il y a une fiche complète (on sort de la simple base de donnée), en anglais bien sûr, avec une section Taxonomy qui retrace l'historique mais ignore Caloboletus calopus.

Voilà à ce stade.

Jplm
Modifié en dernier par Jplm le 26 août 2016, 18:20, modifié 1 fois.
Jean-Pierre Lachenal-Montagne

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Re: Quelle référence pour Champis.net ?

Messagepar castor74 » 26 août 2016, 13:46

Pierre Jancloes a écrit :L' INPN, par exemple ne mentionne pas encore, " Russula erythrocephala" de notre ami Laurent Francini, sauf erreur de manipulation de ma part.

Ça, c'est pas bien grave, j'ai même cru comprendre que selon certains, elle ne doit sûrement pas exister. :lol:
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Re: Quelle référence pour Champis.net ?

Messagepar Y.Courtieu » 27 août 2016, 18:02

Bonjour à tous,

De retour de vacances également, je découvre ce nouveau débat sur ce sujet récurrent.
Il me semble assez difficile, voire impossible de résoudre le problème. En effet, les points de vue sur la "nouvelle nomenclature" divergent trop, c'est le moins que l'on puisse dire. Et cela me parait normal si l'on considère que champis-net accueille aussi bien des débutants que des bons amateurs et en outre des mycologues à la pointe de leur science. Ils n'ont ni le même niveau ni les mêmes préoccupations...

Je trouve par conséquent la proposition de Fouad tout à fait adaptée à cette situation de fait. Ainsi chacun devrait s'y retrouver. N'est-ce pas là l'essentiel ?
Je pense que cela résoudra largement plus de 95 % des cas. Pour les espèces non présentes dans ces guides de base, on peut prendre une référence commune, comme Mycobank, OK, pourquoi pas ?
Mais je ne pense pas qu'"obliger" tout le monde à avoir dans tous les cas cette même référence soit une bonne idée ( on va reprendre ceux qui ne le font pas d'où re-débats ô combien inutiles !!)
Pourquoi finalement demander aux débutants d'appliquer des règles qui sont souvent hors de leur portée et probablement assez éloignées de leur intérêt naissant pour la mycologie, qu'il faut encourager plutôt que rebuter, il me semble ?
Yves
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Re: Quelle référence pour Champis.net ?

Messagepar castor74 » 27 août 2016, 19:17

Au risque de passer pour un horrible conservateur, je ne vois finalement pas ce qui gêne d'employer le nom que l'on veut. On va de toute façon tomber sur un tas de cas extrêmes: l'ancien mycologue ne connaîtra pas forcément le tout-nouveau-nom-de-la-mort-qui-tue, et le nouveau mycologue tout empressé d'apprendre et d'être à la page ne connaîtra pas forcément les anciens noms. Ça va finir par poser des problèmes notamment lorsque l'on fera des recherches, bien sûr, mais alors comment faire? Forcer l'ancien à rechercher le nouveau nom, ou le nouveau à rechercher l'ancien? :cri:
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