[Jean Paul]

Bonjour à tous


je prends un peu tardivement la suite de ce post intéressant. Il faut bien distinguer deux phénomènes la "multiplication" des espèces et celle des genres. Personnellement l'inflation au niveau des espèces ne me gène pas car il reflète en grande partie la réalité. Si nous regardons en arrière, nombre de groupes étaient particulièrement flous, avec quantité de variétés et d'espèces plus ou moins nettes et autant d'interprétations que d'auteurs. En fait, souvent, on ne pouvait pas être sûr des caractères vraiment importants à prendre en compte et beaucoup de mycologues ne voyaient qu'une suite ininterrompue d'intermédiaires et ne pouvaient se résoudre à trancher quelque part. Il faut bien avouer que les méthodes modernes nous permettent maintenant de le faire dans bien des cas.
Les genres, c'est vraiment autre chose. Car si on peut considérer l'espèce comme quelque chose de tangible sur une certaine période, le genre est une création purement humaine pour nous permettre de mettre de l'ordre, au même titre que toutes les autres unités taxinomiques (famille, ordre, etc...). Il se trouve que les méthodes de phylogénie moléculaire permettent de regrouper les espèces entre elles dans des ensembles naturels, et lorsque ceux ci apparaissent statistiquement bien supportés, la tentation est grande d'en faire une nouvelle coupure. Je me demande si il ne faudrait pas calculer les distances génétiques entre les espèces les plus proches de deux groupes avant d'en faire un genre nouveau (sur plusieurs marqueurs?). Attendre aussi d'avoir une vision mondiale de certains ensembles. Aussi et ce serait vraiment une bonne chose : pratiquer comme en Zoologie : l'espèce est suivit uniquement du nom de son premier créateur une foi pour toute et les auteurs des changements de genres ne sont pas mentionés!
Je n'ai pas d'idée précise sur la valeur de tous ces genres nouveaux de bolets et j'attends d'avoir une idée plus précise des distances génétiques pour les accepter. Une prolifération justifiée sur des bases trop ténues n'a, pour ma part, strictement aucun intérêt puisque d'autres coupures (sous-genre, section...) sont disponibles, et beaucoup moins encombrantes!

[Fifi]

Bonjour à tous,

je suivais de loin le sujet, pas surpris des diverses réactions... le dernier message de Jean-Paul m'interpèle car il touche un sujet qui m'intéresse et me questionne régulièrement.
Je ne vois pas pourquoi les concepts de genre et de tout autre unités taxonomiques diffèreraient de celui d'espèce. Pour reprendre le propos de Jean-Paul, ce sont tous, selon moi, de la pure création humaine pour classer le vivant de façon la plus cohérente possible pour mieux comprendre la diversité et l'évolution du vivant.

Maintenant, il est clair que ces changements de genre sont particulièrement indigestes. Déjà que je m'interroge sans cesse sur la notion d'espèce (au sens systématique), pas seulement en mycologie, connaissant les cas (que j'ai déjà évoqué ici) de cercle d'espèces, ajouter à cela ces questions de nomenclature et de changements de genres... c'est trop pour moi...

[Castor74]

Oh oui... C'est même trop pour pas mal de gens... J'ai des amis mycologues qui ont lâché prise devant tout ça... Se conformer sans arrêt aux «décisions» d'un petit groupe de pontes qui bouleversent tout sans arrêt, ça use. Je suis bien placé pour le savoir, faisant partie de la FMBDS et étant président de ma société, je vois désormais avec résignation de bons mycologues baisser les bras, n'achetant pratiquement plus de monographies, n'écrivant plus d'articles (une activité de plus en plus compliquée et rébarbative...), et finalement se résignant à faire de la mycologie comme il y a 10 ans, évitant par là les prises de tête continuelles des nouvelles appellations assenées à marche forcée. Il est un peu désespérant de constater, d'ailleurs, qu'une autre frange de mycologues se complaisent dans cet état de fait, s'y vautrant même avec un plaisir sadique, arguant avec une certaine condescendance qu'il faut bien avancer (être «battant», ça en impose toujours...) et que tout ça est parfaitement justifié et que si on ne suit pas, on se contente alors de rester médiocre.
Je me demande ce que vont devenir toutes les connaissances des «anciens» (dont certains n'ont encore pas 50 ans...), lorsque le rouleau compresseur des «nouveautés» aura passé... La mycologie devra-t-elle se faire uniquement dans des laboratoires équipés de séquenceurs? On y va tout droit, et alors là, savoir qu'un bolet vient d'être rangé dans un tiroir tout neuf nommé Rheubarbaboletus, ça nous fera une bien belle jambe, incapables que nous serons de l'identifier sur le terrain!!! Que faire? Subir ou dire non, et aller se promener dans les bois par pur plaisir.

[Jplm]

Bonjour,

Suite à l'intervention de Jean Paul, et tout en en mesurant que nos réflexions sont de faible impact sur les décideurs, je me disais "sages paroles". J'aimais cette distinction qu'il faisait entre les espèces dont la création reposerait sur des réalités génétiques à peu près incontestables et les regroupements de niveau supérieur (genres, familles etc.), pures créations humaines dont la multiplication devrait être plus prudente (moins soumise aux égos diraient certains) et reposer sur des calculs de distances génétiques mieux établis.

Et puis Fifi est venu rappeler que même la notion d'espèce est une création humaine et que là non plus il n'y a pas de critère incontestable de distance, si je comprends bien (je ne suis pas biogénéticien, j'étais directeur financier !) qui définirait si on a affaire à une espèce, une sous-espèce etc.

La seule chose dont on soit certain, c'est qu'il faut un classement : à ce stade de notre évolution, l'esprit humain ne sait pas faire sans. Je crains que l'autre chose qui soit certaine, c'est que ce classement sera imparfait encore pour un bout de temps.

Jplm

[Jean Paul]

Bonjour à tous.

J'ai bien précisé dans le texte : "on peut considérer l'espèce comme quelque chose de tangible sur une certaine période". Effectivement comme le pense FIFI il s'agit d'un processus dynamique. Cependant sur une période donnée il est parfaitement valable de définir une notion d'espèce surtout si on l'accompagne d'un "type" qui la fixe définitivement. Ainsi biologiquement parlant, on pourra concevoir dans 500 000 ans que, par exemple, l' homo sapiens typifié par un individu du 20ième siècle ne peut plus se reproduire avec l'Homo sapiens du moment et il sera alors opportun de lui donner un nouveau nom! Et ceci mêm si cette éloignement s'est produit progressivement. Bien que ce dynamisme existe, on peut quand même définir l'espèce par sa capacité de reproduction entre les individus qui la compose et son isolement par rapport aux espèces voisines. Ceci n'existe pas pour les autres taxons de la classification qui sont donc eux purement humain et ne représentent que des jalons dans l'historique de l'évolution.

[Montségur]

Bonjour
Eternel débat, il faudrait commencer par définir la notion d'espèce en mycologie.

Lorsque je détermine Boletus satanas en suivant les règles de nomenclature définies par le CIB, pour connaître la combinaison actuelle à utiliser, il me suffit de consulter les BDD, Mycobank, IndexFungorum ou autres ….
N'ayant aucun préjugé ni compétences, personnellement je me contrefiche d'utiliser les combinaisons Rubroboletus satanas ou Suillellus satanas, ou demain Xyz satanas, j'essaie de suivre à mon niveau l'évolution de la Mycologie.
Il me semble que le genre Ampulloclitocybe si critiqué il y a peu de temps est maintenant utilisé par la plupart des intervenants sur le forum, alors avec un peu de patience …

[Jean Paul]

Bonjour,
Le concept d'espèce en mycologie peut faire appel à différents critères mais c'est leur prise en compte de manière globale quil est important de retenir :
-distinction morphologique (les individus présentent des caractères morphologiques en commun).
-monophilie (les individus appartiennent à une même lignée évolutive)
-distance génétique ( plus réduite à l'intèrieur d'une espèce qu'entre deux espèces voisines)
-intercompatibilité entre les représentants d'une même espèce, incompatibilité entre deux espèces différentes.
Comme il a été dit plus haut, nous avons besoin de ce concept d'espèce par exemple pour évaluer la biodiversité, savoir sur quels échantillons on travaille lors d'applications dans différents domaines autre que la systématique (agriculture, santé, foresterie, chimie,...). L'espèce peut ainsi être considéré comme le fer de lance de l'évolution.
Pratiquant la mycologie depuis une quarantaine d'années, je peux vous affirmer que la pèriode actuelle est infiniment plus intéressante que les années 70-90. Tous les mycologues devraient se réjouir que des groupes ultra compliqués ou pullulaient les espèces, les variétés et les formes impossibles à délimiter soient clairement définis maintenant. Je ne comprend pas cette morosité alors que les nouveaux outils nous montrent la réalité. Ceci pour les espèces!
Par contre pour ce qui est des genres, chacun peut suivre son concept. Si, certaines coupures semblent exagérés car trop proches, d'autres sont évidentes. Ampulloclitocybe en est une, c'est un Hygrophoraceae vraiment trés loin des clitocybes!

[Montségur]

Bonjour Jean-Paul,
Comme d'habitude (depuis que l'on se connait … ), je ne peux qu'approuver tes commentaires toujours aussi précis et pédagogiques.

[Castor74]

Je salue les efforts de ceux qui persévèrent en se réjouissant. Vous ne m'en voudrez pas trop si je continue à appeler un torosus par le nom de genre Boletus, je ne compte pas utiliser le nom absolument ridicule d'Imperator.

[Jean Paul]

La multiplication des genres me géne aussi et il me semble que l'on pourrait faire l'économie de pas mal d'entre eux en les réduisant au rang de sous-genre ou de sections. Je salue certaines initiatives raisonables et justifiées de chercheurs. En voici deux intéressantes
Sur le genre Leccinum : http://mushroomexpert.com/leccinumposter.pdf
le genre Leccinellum n'est pas indispensable...
Sur le genre Trametes : http://wordpress.clarku.edu/polypeet/projects/trametes/
Très convaincant, et les distances génétiques le laissaient déjà penser. Adieu Lenzites, Pycnoporus, Cubamyces, Artolenzites, Coriolus,.......

[Castor74]

Très joli, tous ces clades colorés... Mais concrètement, sur le terrain, vous allez mettre un nom comment, sur vos récoltes? Et même au microscope, tintin...
Va-t-on devoir envoyer toutes nos récoltes à des laboratoires spécialisés en séquençage? Même si c'était un jour possible, je m'y refuse absolument. C'est plus de la mycologie, c'est du tripatouillage de gènes.
Juste un exemple: j'étais avec André Bidaud, un jour sur le terrain dans un coin qu'il connaît très bien. On tombe sur un cortinaire, il donne un nom, me dit qu'il vérifiera ensuite chez lui. Verdict: «Ah ben oui, c'est une espèce que j'ai créée il y a pas longtemps, je ne l'avais pas reconnue.» Moralité: même ceux qui créent ne reconnaissent plus leurs enfants. Edifiant!

[Jean Paul]

Sous ces jolies constructions, aussi variées en couleurs que nos chers cryptogames, se cachent des espèces qui sont parfaitement identifiables morphologiquement... Je voulais simplement montrer que l'on peut aussi limiter la multiplication des genres.
Bravo à A. Bidaud, Romagnesi de son temps faisait pareil avec les russules. Allons, nous savons trés bien que beaucoup de champignons doivent être ramenés à la maison et torturés un petit moment avant d' avouer leur nom. Même ce que l'on a créés! C'est un des charmes de la mycologie.

[Castor74]

Sous ces jolies constructions, aussi variées en couleurs que nos chers cryptogames, se cachent des espèces qui sont parfaitement identifiables morphologiquement...

Pas d'accord du tout! Chacun sait que désormais, il n'y a plus un ou deux Hydnum repandum, mais une bonne dizaine... Je défie quiconque, sur le terrain, de séparer les récoltes. Et même au microscope. Ce n'est là qu'un exemple!

[Jean Paul]

Je parlais juste des clades dont j'avais donné le lien, des Leccinum et des Trametes.
Bien sûr il existe des espèces dont les caractères différenciels sont trés ténus. Mais ceci n'est pas nouveau, la biologie moléculaire en dévoile seulement davantage. Par exemple, dans les années 70, H. Romagnesi, illustre amateur qui avait compris l'intérêt des nouvelles méthodes de laboratoire, a fait un travail remarquable avec Mme Galland de l' Université de Lyon sur les Psathyrella du groupe candolleana. La confontation de mycélium primaire, la possibilité de croiser les champignons! Quatre groupes parfaitement compatibles entre eux et icompatibles avec les 3 autres, donc quatre espéces. Et bien P. candolleana, P. scotospora. P. elegans et P. proxima sont extrèmement difficiles à séparer morphologiquement et les trois dernières ne sont d'ailleurs jamais citées dans les travaux de recensement. Et c'était en 1975!
Je ne suis pas tout à fait d'accord avec le cas des Hydnum. D'abord il y a c'est vrai une douzaine d' espèces autour de H. repandum et H. rufescens (surtout lui!) mais les quelques travaux publiés ont déjà cerné convenablement certaines d'entre elles (j'en ai trouvé une dans les Pyrénées il y a 2 ans). Les autres n'ont pas fait l'objet d'approche morphologique détaillée c'est tout. Et je suis confiant sur la possibilité de séparer les espèces dans ce groupe par la morphologie et l'écologie.
Dans certains groupes, je suis d'accord, c'est vraiment difficile et je trouve navrant de voir des clés (heureusement rares) qui font appel à des secteurs d'ITS pour différencier les taxons. A mon avis ces auteurs auraient du travailler sur plus d'échantillons et chercher davantage.
Il faut se dire que ces espèces sont réelles et que ne pas en tenir compte limite fortement notre compréhension de la nature et la prise en compte de la biodiversité.

[Castor74]

Il faut se dire que ces espèces sont réelles et que ne pas en tenir compte limite fortement notre compréhension de la nature et la prise en compte de la biodiversité.

Naturellement... Encore faudrait-il que cela puisse se faire sans avoir recours à d'énormes moyens, dont seuls les gros laboratoires disposent. Je redoute que la mycologie de demain ne soit plus que celle de chercheurs chanceux ou fortunés...