Détermination automatique de champignons

pingou
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Détermination automatique de champignons

Messagepar pingou » 07 janv. 2017, 12:31

Bonjour à tous,

je suis actuellement en train de développer un système de reconnaissance automatique de champignons et je me suis dit qu'il pourrait éventuellement vous être utile (il n'est pas assez fiable pour pouvoir se baser entièrement dessus néanmoins)
Vous pouvez tester sur http://champignouf.com si le coeur vous en dit.
Pour l'instant je dois bien reconnaître qu'il n'est pas très performant, mais j'ai bien l'intention de l'améliorer.
J'aimerais bien votre avis d'experts dessus, n'hésitez pas à me dire qu'il est tout nul je ne me vexerai pas, c'est juste un petit projet que je voulais juste partager.

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Did 70
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Re: Détermination automatique de champignons

Messagepar Did 70 » 07 janv. 2017, 13:11

Bonjour et bienvenue

Je vois qu'on n'arrête pas le progrès !!!!!!! En ce qui concerne les champignons c'est complétement illusoire et utopiste ! Rien ne remplacera l'oeil humain le microscope et les connaissances et compétences de chacun !!!! :grandsourire:

Pour le 1er avril si tu me trouves un logiciel qui transforme l'eau de mon robinet en bon vin, je suis bien évidement preneur ! :lol:

Bon courage !

pingou
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Re: Détermination automatique de champignons

Messagepar pingou » 07 janv. 2017, 13:21

Bonjour Did70 !

Merci pour ton message !
Alors je rebondis sur ton message et particulièrement sur "Rien ne remplacera l'oeil humain".
Ces dernières années le "deep learning" et la reconnaissance d'images par les réseaux de neurones ont fait d'énormes progrès, à tel point que certains programmes font MIEUX que les humains pour classifier des images.
Ce n'est absolument pas le cas de champignouf malheureusement (il donne souvent des résultats absurdes, mais je vais l'améliorer petit à petit), tout le problème réside dans la difficulté d'obtenir des millions de photographies de champignons pour pouvoir les cataloguer.
Après évidemment, pour déterminer l'espèce d'un champignon, il est utile d'avoir son odeur, sa consistance, sa taille (difficile d'évaluer la taille sur une photo), son environnement, ce qui est difficile à obtenir depuis un ordinateur !
Mais je reste optimiste (et utopiste, sans doute !), et je pense que cela peut néanmoins être un bon outil complémentaire (avec quelques améliorations).
Modifié en dernier par pingou le 07 janv. 2017, 13:37, modifié 1 fois.

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Re: Détermination automatique de champignons

Messagepar Hervé » 07 janv. 2017, 13:37

Je suis sceptique pas nature, donc j'ai testé (rapidement)...
J'ai pris Amanita phalloides, Boletus edulis, Gyromitra esculenta et Mycena belliae avec des photos de ma base.
Résultat: 3/4 !
Il m'a proposé Lichenomphalia umbellifera pour M belliae (Je ne serais pas surpris que certains auraient aussi fait cette proposition...).
C'est plutôt encourageant je trouve. En tout cas ça démontre que la démarche n'est pas si utopique que ça.
Tu pourrais nous en dire plus sur la méthode et ta base de données.
Hervé.
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Re: Détermination automatique de champignons

Messagepar castor74 » 07 janv. 2017, 14:19

Salut! J'ai essayé Russula decolorans, une russule commune et facile à déterminer. Ben il ne doit pas trop aimer les russules, bien qu'il en propose quelques-unes... à côté d'Hygrophorus agathosmus!
Evidemment, ce ne doit pas être facile du tout (voire quasiment impossible...) de parvenir à une détermination exacte.
http://www.francini-mycologie.fr/index.htmlMyco-botaniste passionné!Nikon D90 - F-S DX 18-200 mm f:3,5/5,6 G ED VRII - AF-S Nikkor 105 mm macro f:2.8 G ED - Micro Nikkor 60 mm f:2.8

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Re: Détermination automatique de champignons

Messagepar Jplm » 07 janv. 2017, 14:31

Bonjour,

Vu que la plupart des espèces, et notamment celles qu'on a du mal à déterminer, ne peuvent pas l'être sur simple photo (comme Pingou le mentionne, necessité de connaître entre autres la taille, l'habitat, l'odeur, le goût, la taille des spores ou la forme des cystides), je ne vois pas quelle utilité ça peut avoir... mais c'est assez ludique.

J'ai essayé aussi un certain nombre de photos très typiques. J'ai eu plusieurs résultats exacts, d'autres approchants (une superbe oronge est devenue A. banningiana, ce qui trahit l'origine du projet ou de la base de données, mais on est dans le groupe), d'autres étaient très loin :
- Bulgaria inquinans, le système a juste proposé des choses noires, dont X. polymorpha
- Entoloma hochsteterri, volontairement piègeux, n'a même pas été identifié comme un entolome bleu mais comme C. lagopus
- Volvariella surrecta s'est retrouvée Craterellus cornucopioides

Merci Pingou, ça occupe un samedi après-midi gris et froid. Et non, ce n'est pas nul du tout, loin de là, c'est de la bonne reconnaissance-photo... avec les limites du genre.

Jplm


PS : je n'avais pas voulu mettre de cortinaires, d'inocybes ou de russules, mais comme Castor l'a fait, je viens de tenter une lepida typique (pied lavé de rose etc.). La réponse est tombée : Boletus edulis. Dans ce type de genres, l'application ne peut que se tromper, mais il faudrait au moins qu'elle identifie le genre, je ne sais pas si c'est informatiquement facile mais en l'occurrence les russules ont un faciès commun qui n'est pas celui d'un cèpe. Tout cueilleur de champignon reconnait une russule à trois mètres, même s'il en ignore l'espèce exacte.
Jean-Pierre Lachenal-Montagne

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Re: Détermination automatique de champignons

Messagepar Fifi » 07 janv. 2017, 15:35

Bonjour,

Ceci n'étant pas une demande de détermination, je déplace le sujet dans la rubrique "Autres sujets sur la mycologie".
D'abord très sceptique sur cette idée de "déterminateur automatique", encore plus en voyant le nom de l'outil "Champignouf"... :rolleyes:

J'ai aussi testé, comme Hervé.
Pour Amanita franchetii, il me propose plusieurs réponses, avec en premier une espèce nord-américaine : "Je pense que c'est: amanita canescens Ou bien peut-être amanita spissa , amanita constricta group , amanita pantherina , ou leucocoprinus cretaceus "
Pour Amanita phalloides, voici sa réponse : : "Je pense que c'est: amanita spreta group Ou bien peut-être psathyrella candolleana , amanita brunnescens , amanita solaniolens , ou amanita amerifulva "
Que des amanites américaines (il me semble) et une invraisemblable psathyrelle...
Pour une Lepiota subincarnata : il se craque totalement : "Je pense que c'est: tricholoma scalpturatum Ou bien peut-être hebeloma crustuliniforme , tricholoma pardinum , lactarius pubescens , ou tricholoma subresplendens "
Pour Bolbitius variicolor, c'est pas mieux : "Je pense que c'est: pholiota spumosa Ou bien peut-être inocybe rimosa , inocybe sororia , laccaria proxima , ou lacrymaria lacrymubunda "
Pour Cortinarius violaceus : "Je pense que c'est: cortinarius violaceus
Ou bien peut-être cortinarius subgenus sericeocybe , entoloma medianox , lactarius lignyotus , ou lacrymaria lacrymubunda
"
Ouf ! Il y a une bonne réponse...

Bref...

Voici ce que j'en pense. À commencer par la formulation de la réponse : "Je pense que..." comme si un algorithme pouvait penser et raisonner. Cette façon de personnifier un algorithme, un programme informatique est dangereuse et illusoire. J'estime que la réponse devrait clairement afficher comment cet algorithme abouti à ces résultats - à savoir une "simple" comparaison de photos sur internet - et surtout ne pas laisser croire que ces "déterminations" résultent d'une véritable démarche raisonnée.

Sur la méthode maintenant. Nous rappelons régulièrement sur le forum qu'il ne suffit pas de comparer des photos pour déterminer une espèce, sans compter le risque de se fier à des photos dont la détermination est erronée.
Je ne sais pas dans quel cadre ni quelles conditions le "deep learning" et la reconnaissance d'images font mieux que l'humain, mais classer des images n'est pas la même chose que classer des espèces... De plus, cette méthode prend-elle en compte les erreurs de déterminations de certaines photos diffusées sur le web ? Je ne pense pas.
Comme tu le soulignes, il manque des caractères macroscopiques et organoleptiques qu'aucun algorithme ne peut percevoir sur photo, (tout comme l'être humain tu me diras)... mais tu peux aussi ajouter les caractères microscopiques, macro et micro-chimiques sans lesquels certaines déterminations sont impossibles.

J'imagine qu'il peut être passionnant de travailler sur le développement de tel programme mais vouloir faire déterminer une espèce par une machine est à mon avis illusoire... À mon sens, cela ne se limite pas qu'aux champignons.
L'amanite phalloïde a mauvaise réputation.
C'est pourtant l'un des rares champignons qui soit capable d'abréger les souffrances des myopathes.
Pierre Desproges

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Re: Détermination automatique de champignons

Messagepar Fouad » 07 janv. 2017, 19:22

Bonsoir,
Merci à nos amis d'avoir testé pour moi :razz: Un peu paresseux, parfois...
Tout ce que je pense sur ce type de programme a été dit plus haut. Cela m'a rappelé un projet d'identification des russules par la simple lecture colorimétrique très poussée - assistée par Photoshop? - de la cuticule ! Je suis un peu hors sujet, mais Castor a dû en entendre parler et pourra nous dire - en tant que grand russulogue - ce qu'il pense de ce procédé ? Merci :clindoeil:

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Re: Détermination automatique de champignons

Messagepar Jplm » 07 janv. 2017, 19:45

La seule machine capable d''identifier les champignons à notre place serait un séquenceur ADN portable relié à une base exacte et exhaustive. Cela viendra, le premier élément bien avant le deuxième. Nous serons tous morts, j'espère, et en train de rebâtir Champis.net au paradis.

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Re: Détermination automatique de champignons

Messagepar michel » 07 janv. 2017, 20:03

Bonsoir tous
Ces dernières années le "deep learning" et la reconnaissance d'images par les réseaux de neurones ont fait d'énormes progrès, à tel point que certains programmes font MIEUX que les humains pour classifier des images

Cela ne fait aucun doute et ce n'est pas d'aujourdh'ui, les réseaux neuronaux sont utilisés couramment en physique depuis 25-30 ans pour rechercher par exemple des évènements rares
parmi des milliards de données...
J'ai essayé (le programme) avec des succès...mitigés, il a reconnu l'hyménophore d'un D. confragosa, un Lactaire (tout en me donnant un tas de noms venus d'ailleurs) et il a été incapable de me donner un nom crédible à la dernière croûte avec lequel je me bats depuis un certain temps !
Je pense qu'il faudrait d'abord éliminer tout ce qui vient d'outre Atlantique, essayer avec des exemples simples, différentier les grands groupes par exemple, ce qui réclame déjà une certaine
expertise dans le choix des photos... parce que si l'on prends tout ce qui porte un nom sur le Web on comprend que le programme ait quelques difficultés à s'y retrouver
Michel

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Re: Détermination automatique de champignons

Messagepar Hervé » 07 janv. 2017, 21:07

Jplm a écrit :La seule machine capable d''identifier les champignons à notre place serait un séquenceur ADN portable relié à une base exacte et exhaustive. Cela viendra, le premier élément bien avant le deuxième. Nous serons tous morts, j'espère, et en train de rebâtir Champis.net au paradis.

Jplm


le premier est déjà là !
https://nanoporetech.com/products/smidgion
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Re: Détermination automatique de champignons

Messagepar Fouad » 07 janv. 2017, 21:33

Sur l'histoire de la bio.mol. en mycologie, cela me fait penser à l'histoire de la photographie au 19 ème face à la peinture :rolleyes: une technique au service de l'art pictural, mais si opposée par ses innovations et possibilités. Aujourd'hui, les deux disciplines se côtoient, se mêlent...

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Re: Détermination automatique de champignons

Messagepar Jplm » 07 janv. 2017, 22:40

Hervé a écrit :
Jplm a écrit :La seule machine capable d''identifier les champignons à notre place serait un séquenceur ADN portable relié à une base exacte et exhaustive. Cela viendra, le premier élément bien avant le deuxième. Nous serons tous morts, j'espère, et en train de rebâtir Champis.net au paradis.

Jplm


le premier est déjà là !
https://nanoporetech.com/products/smidgion

Je sais, on en a déjà parlé, ici ou ailleurs (parfois je vais ailleurs), ce n'est pas encore à la portée du mycophile lambda mais ça viendra.

Fouad a écrit :Sur l'histoire de la bio.mol. en mycologie, cela me fait penser à l'histoire de la photographie au 19 ème face à la peinture :rolleyes: une technique au service de l'art pictural, mais si opposée par ses innovations et possibilités. Aujourd'hui, les deux disciplines se côtoient, se mêlent...

C'est ce que j'aime sur ce forum, on ne parle pas que de champignons, les disciplines se mêlent, indisciplinées.

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Re: Détermination automatique de champignons

Messagepar castor74 » 08 janv. 2017, 09:14

Fouad a écrit :Bonsoir,
Merci à nos amis d'avoir testé pour moi :razz: Un peu paresseux, parfois...
Tout ce que je pense sur ce type de programme a été dit plus haut. Cela m'a rappelé un projet d'identification des russules par la simple lecture colorimétrique très poussée - assistée par Photoshop? - de la cuticule ! Je suis un peu hors sujet, mais Castor a dû en entendre parler et pourra nous dire - en tant que grand russulogue - ce qu'il pense de ce procédé ? Merci :clindoeil:

Ah ben non, je ne savais pas... Mais je pense que tenter d'identifier des russules par l'étude des couleurs du chapeau, c'est presque risible... Justement, ce qui caractérise les russules, c'est souvent leur polychromisme!!! :cool:
http://www.francini-mycologie.fr/index.htmlMyco-botaniste passionné!Nikon D90 - F-S DX 18-200 mm f:3,5/5,6 G ED VRII - AF-S Nikkor 105 mm macro f:2.8 G ED - Micro Nikkor 60 mm f:2.8

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Re: Détermination automatique de champignons

Messagepar Jatapol » 09 janv. 2017, 11:48

Bonjour

Le danger principal de cette application, si elle vient un jour à être publiée sur les smartphones, est que certains néophytes voudront l'utiliser pour ramasser et cuisiner des champignons, avec les risques qu'on peut imaginer!
Des erreurs sur des applications similaires de détermination de fleurs, oiseaux ou insectes ne portent a priori pas à trop de conséquences, mais pour rien au monde je ne me risquerais à lancer une appli qui pourrait faire confondre à un quidam une russule verdoyante avec une amanite phalloïde...


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