Espèces, variétés et évolution

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Y.Courtieu

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Message par Y.Courtieu »
Je vois...

Nous ne parlons probablement pas tout à fait de la même chose... Je ne peux rien te dire sur les aspects que tu développes, je ne suis pas phylogénéticien et je ne m'occupe pas d'ADN. Merci au passage d'avoir pris la peine d'exposer tous ces aspects, qui sont très intéressants pour mieux comprendre ce que font les spécialistes de l'ADN.

Si tu penses qu'avec tout cela la mycologie voire la biologie ont trouvé un complément objectif supplémentaire, je te suis...
Mais si tu penses qu'elles ont trouvé une sorte de Graal, alors...je ne peux que te dire : c'est ton droit, ou : si tu veux, pour reprendre ton expression...

Nos arrières-petits-enfants en jugeront...

Amitiés, Yves
Yves
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Fifi

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Message par Fifi »
Guillaume Eyssartier a écrit :
Bonjour à tous,

j’étais absent depuis quelques jours et je tombe par hasard sur cette discussion. Je suis absolument stupéfait par une grande partie de ce que je viens de lire... Je conçois aisément que beaucoup d'entre nous n'ont pas de formation particulière ni dans les sciences de l'évolution, ni dans celles de la classification, voire même de la biologie. mais je suis extrêmement surpris de lire des positions extrêmement tranchées sur des sujets qui ne sont pas maîtrisés du tout (et je suis gentil).
Je ne discute même pas, tant les incompréhensions sont nombreuses, fondées en grande partie sur des méconnaissances vraiment très importantes non seulement des principes de base de l'épistémologie, de la systématique, mais également de ses méthodes. Le seul avec lequel je suis (presque) entièrement d'accord, est Fifi.

Je conseille notamment à tout le monde de lire, si cela vous intéresse et que vous êtes prêts à vous remettre en question :

- Reconstruction phylogénétique : concepts et méthodes, de Pierre Darlu et Pascal Tassy ;
- Les ouvrages de Guillaume Lecointre (notamment Comprendre et enseigner la classification du Vivant et Guide critique de l'évolution) ;
- Les ouvrages d'Hervé Le Guyader, notamment Classification et évolution et Penser l'évolution.

Amitiés, Guillaume.
Bonsoir Guillaume, et bonsoir à tous.

Je n'ai fait que survoler les suites du sujet, je prendrais le temps de lire en détail plus tard (sortie mycologique oblige... heureusement je vais de temps en temps sur le terrain).

Évidemment un très grand merci pour avoir pris le temps d'intervenir ici (et de me donner "presque" raison :sourire: ). Je connaissais les ouvrages de G. Lecointre et de H. Le Guyader, je n'en ai lu que des extraits, notamment via les sites du CNRS. J'ai même eu l'occasion d'échanger avec G. lecointre. C'est réellement passionnant !
L'amanite phalloïde a mauvaise réputation.
C'est pourtant l'un des rares champignons qui soit capable d'abréger les souffrances des myopathes.
Pierre Desproges

Guillaume Eyssartier

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Message par Guillaume Eyssartier »
Yves écrivait :
Mais si tu penses qu'elles ont trouvé une sorte de Graal, alors...je ne peux que te dire : c'est ton droit, ou : si tu veux, pour reprendre ton expression...
Oh non, Yves, pas du tout... Si mon texte permet d'en déduire ça, c'est que je me suis encore une fois mal exprimé et je m'en excuse. S'il y a une seule chose que je pense, c'est que nous allons dans le bon sens... mais le chemin est loin d'être terminé et je ne pense pas non plus qu'il ne soit pas semé d'embûches. Il y aura des ajustements (par exemple, il n'est pas impossible que le genre Neoboletus disparaisse, pour parler des bolets), peut-être aussi des marches arrières, mais ce n'est que le déroulement traditionnel du progrès des connaissances. Mais, comme je le disais, je resterai toujours du côté de la science, car je préfère avoir tort objectivement que raison par hasard (et, malgré mes boutades, je sais bien que tu es, dans ce domaine, du même côté que moi).

Pour ce qui concerne l'interprétation des résultats, un clade est un clade, il s'agit donc de le nommer... En revanche, là où tu as raison (et à la réflexion c'est peut-être cela que tu souhaitais en partie exprimer), est que l'on peut juger qu'il existe une part d'amour-propre et probablement de carriérisme dans le fait de nommer le plus rapidement possible les clades, avant ses collègues, et parfois même avant ceux qui ont publié les arbres : certains mycologues s'en sont fait une spécialité, et je suis le premier à trouver cela un peu ridicule, voire passablement infantile. D'où le fait, probablement, que tous ces changements arrivent en un temps que l'on peut juger avec raison déraisonnablement court, et donc exagérément perturbant : si les nouveaux genres de bolets avaient été proposés en une dizaine ou une vingtaine d'années plutôt qu'en deux ou trois, la pilule aurait sans doute été plus facile à avaler. Le système universitaire n'est pas non plus pour rien dans ces avalanches, comme le rappelait, je crois, Jean-Pierre.

Amitiés, Guillaume.
Biologie fongique - Expertises (Dr. Guillaume Eyssartier)

Y.Courtieu

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Message par Y.Courtieu »
Guillaume Eyssartier a écrit :
Yves écrivait :
Mais si tu penses qu'elles ont trouvé une sorte de Graal, alors...je ne peux que te dire : c'est ton droit, ou : si tu veux, pour reprendre ton expression...
Oh non, Yves, pas du tout... Si mon texte permet d'en déduire ça, c'est que je me suis encore une fois mal exprimé et je m'en excuse. S'il y a une seule chose que je pense, c'est que nous allons dans le bon sens... mais le chemin est loin d'être terminé et je ne pense pas non plus qu'il ne soit pas semé d'embûches. Il y aura des ajustements (par exemple, il n'est pas impossible que le genre Neoboletus disparaisse, pour parler des bolets), peut-être aussi des marches arrières, mais ce n'est que le déroulement traditionnel du progrès des connaissances. Mais, comme je le disais, je resterai toujours du côté de la science, car je préfère avoir tort objectivement que raison par hasard (et, malgré mes boutades, je sais bien que tu es, dans ce domaine, du même côté que moi).

Pour ce qui concerne l'interprétation des résultats, un clade est un clade, il s'agit donc de le nommer... En revanche, là où tu as raison (et à la réflexion c'est peut-être cela que tu souhaitais en partie exprimer), est que l'on peut juger qu'il existe une part d'amour-propre et probablement de carriérisme dans le fait de nommer le plus rapidement possible les clades, avant ses collègues, et parfois même avant ceux qui ont publié les arbres : certains mycologues s'en sont fait une spécialité, et je suis le premier à trouver cela un peu ridicule, voire passablement infantile. D'où le fait, probablement, que tous ces changements arrivent en un temps que l'on peut juger avec raison déraisonnablement court, et donc exagérément perturbant : si les nouveaux genres de bolets avaient été proposés en une dizaine ou une vingtaine d'années plutôt qu'en deux ou trois, la pilule aurait sans doute été plus facile à avaler. Le système universitaire n'est pas non plus pour rien dans ces avalanches, comme le rappelait, je crois, Jean-Pierre.

Amitiés, Guillaume.
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Y.Courtieu

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Message par Y.Courtieu »
Bonjour Guillaume,

Enfin ! Tu as mis le temps à comprendre ce que je souhaite dire en effet, et qui est simplement empreint du bon sens. Il ne servait à rien d'assimiler, même sous forme de boutade, mes propos à ceux de quelqu'un cherchant à dénigrer les méthodes scientifiques. Ce n'est pas grave mais tout de même un peu irritant. :clindoeil:

Cette course aux nouveaux noms, cette fuite en avant où l'on voit, par exemple sur meli-melo, des membres de la fine fleur des mycologues demander presque quotidiennement: "comment doit-on l'appeller maintenant, celui-là ?" est effectivement aux yeux du profane non plongé dans ce contexte, un tantinet ridicule, oui ! ( Qu'est-ce que c'est que cette bande de moutons, me suis-je dit un jour !!!)
Et, pour moi, la création de variétés - qui va peut-être diminuer, si j'ai bien compris, avec l'arrivée des méthodes de l'ADN - relève ou relevait (?) un peu du même genre de phénomène.
Une très grande et très utile réforme serait de ne plus faire suivre les noms d'espèces du ou des noms de leurs créateurs, selon moi.

Amitiés, Yves
Yves
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Pat-ouillard

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Message par Pat-ouillard »
Y.Courtieu a écrit :
Bonjour Guillaume,


Une très grande et très utile réforme serait de ne plus faire suivre les noms d'espèces du ou des noms de leurs créateurs, selon moi.

Amitiés, Yves
Je ne suis pas sûr que cela soit judicieux, la notion de traçabilité n'existe pas seulement dans l'industrie agro-alimentaire, elle également fondamentale en taxonomie, et la mention des noms d'auteurs est très utile dans cet optique. Je suis quand même surpris de voir Yves et d'autres se focaliser sur les imperfections humaines, qui sont pourtant monnaie courante dans tous ses domaines d'activités, et qui n'empêchent pas d'avancer, même si c'est souvent de façon désordonnée. Il ne faut pas confondre les outils et le façon dont on s'en sert.
Pour revenir à la question de fifi, sur l'utilité de décrire des variétés, il y a eu un concert de dénégations, en citant des variétés "inutiles", en soupçonnant ceux qui les décrivent d'agir pour leur gloriole personnelle. On aurait pu aussi bien répondre en posant la question à propos des "bonnes" variétés : est-il uile de décrire Boletus edulis var. pusturiensis, Amanita muscaria var. inzengae, Hypholoma fasciculare var. subannulatum ( visible dans les séances su lundi de la SMF), Inocybe gephylla var. lilacina, et tant d'autres. Si l'on répond non à ces questions, alors on répond non à la question ; "est-il utile qu'un naturaliste répertorie les formes du vivant qu'il rencontre"...
Patrice

Y.Courtieu

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Message par Y.Courtieu »
Salut Patrice,

Tu as sans doute raison. Mais nous aussi...
Il suffit de rester nuancé, ce qui est parfois difficile par écrit sur des forums...
Critiquer certains abus ne signifie pas tout critiquer de manière systématique...
Yves
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Jplm

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Message par Jplm »
Pat-ouillard a écrit :
Y.Courtieu a écrit :
Une très grande et très utile réforme serait de ne plus faire suivre les noms d'espèces du ou des noms de leurs créateurs, selon moi.
Je ne suis pas sûr que cela soit judicieux, la notion de traçabilité n'existe pas seulement dans l'industrie agro-alimentaire, elle également fondamentale en taxonomie, et la mention des noms d'auteurs est très utile dans cet optique. Je suis quand même surpris de voir Yves et d'autres se focaliser sur les imperfections humaines, qui sont pourtant monnaie courante dans tous ses domaines d'activités, et qui n'empêchent pas d'avancer, même si c'est souvent de façon désordonnée. Il ne faut pas confondre les outils et le façon dont on s'en sert.
Pour revenir à la question de fifi, sur l'utilité de décrire des variétés, il y a eu un concert de dénégations, en citant des variétés "inutiles", en soupçonnant ceux qui les décrivent d'agir pour leur gloriole personnelle. On aurait pu aussi bien répondre en posant la question à propos des "bonnes" variétés : est-il uile de décrire Boletus edulis var. pusturiensis, Amanita muscaria var. inzengae, Hypholoma fasciculare var. subannulatum ( visible dans les séances su lundi de la SMF), Inocybe gephylla var. lilacina, et tant d'autres. Si l'on répond non à ces questions, alors on répond non à la question ; "est-il utile qu'un naturaliste répertorie les formes du vivant qu'il rencontre"...
Tout à fait d'accord avec toi, Patrice.

Personnellement je ne remets jamais en cause la nécessité d'une nouvelle variété ni d'une nouvelle espèce ni d'un nouveau genre (et nous avons été gâtés en la matière) : même s'il m'arrive parfois de me demander si une section ou un sous-genre n'auraient pas suffi, je n'ai pas les compétences pour l'affirmer. En revanche, si quelque chose devrait être interdit, ce serait me semble t-il de donner aux variétés, espèces ou genres des noms de personnes et même de lieux : prenons l'exemple de la variété pusteriensis que tu mentionnes, soit l'auteur pensait qu'elle ne pousserait que dans le val de Puster et on peut alors se demander si c'est une variété ou une simple forme écologique, voire un hapax, soit, comme c'est probable, il pensait qu'on la trouverait ailleurs, ou même le savait, et dans ce cas il aurait été à mon avis plus judicieux de ne pas la nommer pusteriensis mais, par exemple, aureus.

Mais c'est un autre débat, je pollue.

Jplm
Jean-Pierre Lachenal-Montagne

Claudius

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Message par Claudius »
En tout cas, merci à tous pour la qualité du débat, même si quelques incompréhensions ont pu apparaître (mais n'est-ce pas le propre de l'homme ?)...
Vous lire fut un plaisir (d'ailleurs je devrai relire !!).

Castor74

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Message par Castor74 »
Pat-ouillard a écrit :
Si l'on répond non à ces questions, alors on répond non à la question ; "est-il utile qu'un naturaliste répertorie les formes du vivant qu'il rencontre"...
Je trouve la question un peu trop orientée... Car tout le monde répondra qu'il faut tenter de décrire tout ce que l'on voit... Mais alors toi, comme les autres, si tu passes ton temps à décrire toutes les différences que tu peux observer sur — par exemple — Amanita rubescens ou Russula queletii, ben tu vas y passer le plus clair de ton temps et tu en créeras quinze toutes les saisons. Pourquoi ne pas, simplement, admettre — de temps à autre! — des variations ponctuelles, fortuites et aléatoires, rentrant, comme le dit Andgelo, dans la case du type? C'est donc si difficile?
http://www.francini-mycologie.fr/index.htmlMyco-botaniste passionné!Nikon D90 - F-S DX 18-200 mm f:3,5/5,6 G ED VRII - AF-S Nikkor 105 mm macro f:2.8 G ED - Micro Nikkor 60 mm f:2.8

Castor74

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Message par Castor74 »
Jplm a écrit :
En revanche, si quelque chose devrait être interdit, ce serait me semble t-il de donner aux variétés, espèces ou genres des noms de personnes et même de lieux [...]
Jplm
Je suis entièrement d'accord avec toi, cette «coutume» dommageable et agaçante (et donnant parfois lieu à des noms ridicules et imprononçables) n'apporte strictement rien scientifiquement. Mais je me suis déjà exprimé là-dessus, me semble-t-il...
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Jean Pierre

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Message par Jean Pierre »
Bonsoir,
castor74 a écrit :
Pourquoi ne pas, simplement, admettre — de temps à autre! — des variations ponctuelles, fortuites et aléatoires, rentrant, comme le dit Andgelo, dans la case du type? C'est donc si difficile?
Cela, tout le monde l'admet, c'est même une évidence, mais pour savoir si la variation est bien ponctuelle, fortuite et aléatoire, il faut bien aller au bout de l'étude et actuellement le seul outil qui le permet est le séquençage ADN. On ne peut pas éliminer arbitrairement de potentielles espèces, variétés ou formes sous prétexte qu'un certain nombre ne sont peut-être que des variations ponctuelles et que tu en a fait un dogme. Le seul moyen de le savoir est de pousser leur étude jusqu'au bout.
Jean Pierre Raverat.
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Andgelo

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Message par Andgelo »
Jean Pierre a écrit :
Bonsoir,
castor74 a écrit :
Pourquoi ne pas, simplement, admettre — de temps à autre! — des variations ponctuelles, fortuites et aléatoires, rentrant, comme le dit Andgelo, dans la case du type? C'est donc si difficile?
Cela, tout le monde l'admet, c'est même une évidence, mais pour savoir si la variation est bien ponctuelle, fortuite et aléatoire, il faut bien aller au bout de l'étude et actuellement le seul outil qui le permet est le séquençage ADN. On ne peut pas éliminer arbitrairement de potentielles espèces, variétés ou formes sous prétexte qu'un certain nombre ne sont peut-être que des variations ponctuelles et que tu en a fait un dogme. Le seul moyen de le savoir est de pousser leur étude jusqu'au bout.
Parfaitement d'accord avec toi Jean-Pierre. Mes réactions ne visaient que les taxons très bien connus.

Y.Courtieu

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Message par Y.Courtieu »
Pat-ouillard a écrit :
Je suis quand même surpris de voir Yves et d'autres se focaliser sur les imperfections humaines, qui sont pourtant monnaie courante dans tous ses domaines d'activités, et qui n'empêchent pas d'avancer, même si c'est souvent de façon désordonnée. Il ne faut pas confondre les outils et le façon dont on s'en sert.
Je ne crois pas que je confonde les outils et la façon dont on s'en sert, ma critique ne porte pas sur l'outil ( je serai bien en mal, je n'y connais pas grand chose), mais bel et bien et uniquement sur la façon dont on s'en sert...
Je ne crois pas que je fasse non plus une sorte de fixation ou de focalisation, cela ce n'est qu'une interprétation de ce que je dis...
Je suis bien placé pour savoir qu'à côté de gens qui souhaitent surtout avancer,et je ne leur reproche pas de le vouloir, il y a dans la communauté des mycologues non seulement des débutants, mais même des grands noms de la mycologie, auteurs d'ouvrages connus, qui sont perturbés par ce qui se passe. Il doit bien y avoir une raison et cela mérite qu'on s'y attarde un peu avant de foncer à l'aveuglette comme on semble le faire.

Il y a urgence à établir des règles claires sur les noms des clades, puisqu'il faut bien les nommer, j'en conviens. Je ne vois d'ailleurs pas ce qui empêcherait de mettre, vu l'importance de ce nouveau critère, trois noms aux champignons: le nom du clade, le nom de genre ( à fixer lequel, et le nom d'espèce, que "curieusement" on ne touche pas). On laisserait le nom traditionnel immuable, exactement comme les astronomes ont eu la sagesse de le faire pour les astres qui en ont un. Ils n'ont pas changé de nom traditionnel depuis la création de la liste officielle de ces noms.

Sinon , comme l'ADN permet ou permettra de distinguer les individus eux-mêmes, on aura un jour un nom par champignon récolté !!!
On y va tout droit...
Yves
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Jean Pierre

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Message par Jean Pierre »
castor74 a écrit :
Jean Pierre a écrit :
Oui, mais j'ai été obligé de le scanner, je ne sais pas joindre un pdf. :confus:
T'étais pas obligé de le scanner, un pdf s'ouvre très bien dans un logiciel de retouche (Photoshop ou assimilé) et ensuite tu réenregistres en jpg...
Oui, mais je ne connais pas d'autre moyen pour mettre un dossier papier sur un ordi. Suite à ta remarque, j'ai ouvert l'ordi et essayer de glisser mes feuilles dans photoshop, mais depuis l'ordi fume un peu et je n'ai rien à l'écran. :rolleyes:
@JP : J'avais bien essayé "joindre un fichier">>>>fichier trop volumineux et je ne pense pas avoir les outils pour le réduire.
Jean Pierre Raverat.
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