Clefs de détermination.

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dada

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Message par dada »
Bonjour à tous.

Pour faciliter mes recherches, j'ai commencé à transcrire la clef de Régis Courtecuisse en mind-mapping.
J'ai fait le même travail en fusionnant la "Classification phylogénétique du vivant (2002)" de Guillaume Lecointre et Hervé Le Guyader avec "Une classification mycologique phylogénétique francophone (2003)" de Marc-André Selosse et Guy Durrieu, d'autres viendront s'y ajouter, ce n'est qu'un début.
J'ai débuté la transcription sous forme de tableaux logiques, une multitude de choses restent à faire, les liens, les images, etc.

Si cela vous intéresse, je peux vous fournir les documents que je réalise.(les logiciels sont en opensource)
Je cherche aussi de l'aide pour pousser plus loin la recherche dans ce sens. (réaliser une clef multiple (micro et macro) de détermination en mind-mapping, de réviser les clefs existantes au regard d'outils informatiques modernes,...)

dada

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Message par dada »
Bonjour à tous.

Je me permet de relancer mon propre sujet.
Je suis à la recherche d'un programme de mind-mapping conservant les liens entre les éléments, afin de pouvoir aborder les clefs selon différents caractères.
J'ai commencé à encoder la clef se trouvant dans le Courtecuisse, afin de pouvoir l'utiliser plus facilement et rapidement, cela demande pas mal de temps, mais cela me semble une bonne idée. (j'ai fai la clef 5 : Bolets)
Je vais chercher un autre programme avant de continuer à encoder.
L'autre solution à laquelle je pense est de créer un fichier dans un tableur, pour chaque espèce, l'ensemble des caractéristiques précises dans les différentes colonnes.
Ainsi, il devient facile de chercher une espèce en fonction d'une seule ou de plusieurs caractéristiques.
J'ai déjà vu de tels programmes fonctionnant sur le net, mais j'ignore si cela existe hors connection.

Concernant le mind-mapping "phylogénétique", j'ai fait un plan sur deux dimensions, mais il ne suffira pas, je vais devoir trouver un programme plus complexe, tridimensionnel (ou sur plusieurs niveaux liant les éléments entre et au sein des niveaux) et respectant les "longueurs des bras".
Sans cela, l'arbre ne respecte pas le déroulement chronologique, il existe déjà de nombreux arbres de ce type.
Peut-être devrais-je le faire en vrai, sur des tableaux semi-transparents superposables.
...il sera alors plus dur de partager, dommage, je vais quand-même chercher un programme plus complet avant de le faire manuellement.

Hervé

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Message par Hervé »
Salut,
intéressant comme approche des clés. C'est le principe de Mycokey je suppose. C'est bien plus efficace que des clés linéaires qui bloquent dès qu'il manque une info. Je trouve que Mycokey est un outil intéressant (pour debuter en tous cas). J'ai la version hors connections vendue avec Funga Nordica. Tu connais son principe de fonctionnement informatique? Par contre on je peux pas y ajouter de l'info, c'est tout l'intérêt d'en fabriquer un open!

RV
Hervé Cochard

verarl

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Message par verarl »
Je voudrais bien t'aider mais je ne comprends rien. C'est quoi l'open machin ?

dada

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Message par dada »
verarl a écrit :
Je voudrais bien t'aider mais je ne comprends rien. C'est quoi l'open machin ?
Bonsoir Verarl.

Quand on dit qu'un programme est en "open source", cela signifie que le programme peut-etre modifié, le plus souvent il est gratuit aussi.
Cela permet l'utilisation de ce programme par un maximum d'utilisateurs, le plus souvent gratuitement, et son adaptation à des besoins spécifiques aussi.

Pour adapter ou modifier un programme non open source, il faut pirater ce programme (le "cracker"), ce qui est interdit, même pour une "bonne" raison.

Pour simplifier un peu, pour la clef de R. Courtecuisse, par exemple, je peux l'afficher entièrement sur une seule page informatique, l'agrandir, fermer ou ouvrir à ma guise les différents liens de l'arbre (fini les [A] [C]), par après je compte mettre les différentes caractéristiques des groupes au sein de la clef et permettre à l'utilisateur de commencer la clef selon d'autres caractère que ceux utilisés habituellement.

dada

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Message par dada »
Hervé a écrit :
Salut,
intéressant comme approche des clés. C'est le principe de Mycokey je suppose. C'est bien plus efficace que des clés linéaires qui bloquent dès qu'il manque une info. Je trouve que Mycokey est un outil intéressant (pour debuter en tous cas). J'ai la version hors connections vendue avec Funga Nordica. Tu connais son principe de fonctionnement informatique? Par contre on je peux pas y ajouter de l'info, c'est tout l'intérêt d'en fabriquer un open!

RV
Salut Hervé.
Mycokey...j'ai déjà entendu ce nom là quelque part, mais je ne l'ai jamais utilisé.
J'ignore si je trouverai une solution pour modeler les clefs existantes comme j'aimerai le faire, pour le moment, je cale.
Sinon, l'idée du fichier sous tableur me semble pas trop mauvaise non plus, peut-être qu'en liant les deux (représentation en arbre d'une clef de détermination et fichier tableur avec les caractéristiques précises de chaque espèce) cela pourrait fonctionner... je vais continuer à chercher de ce côté.

Hervé

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Message par Hervé »
Salut,
il y a une version en ligne de mycokey ici : http://www.mycokey.com/newMycoKeySite/M ... Quick.html
Le fonctionnement est très simple: on indique des caractères macro (et aussi micro) dans l'ordre qu'on veut, il effectue un trie dans la base de donnée et donne la liste des taxons qui correspondent à ces critères. C'est bien pour cerner un genre. Pour aller plus loin, il faudrait proposer des critères distinctifs propres à chaque genre. J'aimerai bien le faire pour les Mycènes, ou avec peu de critères micro/macro on doit vite arriver à l'espèce. Il suffirait de reprendre le travail de Charbonnel des DM (VII).
En pratique, il faut une interface qui lise une matrice XY (X=taxons, X=critères), propose les différents critères à l'utilisateur avec une liste de valeurs possibles et qui trie les taxons selon les critères choisis. C'est le principe des tableaux croisés dynamiques sous Excel non?
RV
Hervé Cochard

verarl

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Message par verarl »
Et Flash, ça ne pourrait pas aller ?

Macrophage

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Message par Macrophage »
Tu as pensé à utiliser des hash table? Sinon pour l'interface, MFC doit être largement suffisant non? (mais je ne crois pas que ça soit libre...)

dada

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Message par dada »
verarl a écrit :
Et Flash, ça ne pourrait pas aller ?
Bonjour à tous.
Merci pour vos réponses.

Le flash n'est pas de l'open source, c'est Adobe qui fait cela, il me semble. Le programme est de plus payant dans ses versions complètes.
Beaucoup de programmes pourraient aller, même un bon vieil ordi en language Basic pourrait fonctionner.
Je crois que je vais utiliser le tableur d'open office, au moins encoder les espèces et caractéristiques.
Juste avec la fonction de recherche on peut déjà aller loin.

Hervé, pour rechercher l'espèce X, en fonction de critères Y, la fonction de recherche du tableur ne serait-elle pas suffisante?
Il me semble que pour les tableaux croisés dynamiques, il faut deux tableaux différents, liés entre eux par des fonctions, par exemple d'un côté une feuille "bon de commande" avec des articles et des quantités, de l'autre une feuille "tarifs", avec les prix en fonction des quantités, le programme fournit une facture détaillée en calculant tout tout seul. Je pourrai certainement utiliser ce type de fonction, mais cela me semble plus compliqué à mettre en oeuvre.

Je ne connais pas bien les tableaux croisés dynamiques, j'ai juste suivi une petite formation avec quelques exemples, mais pas assez pour maitriser.
Ceci dit, il suffirait que je m'y mette, "tableau croisé dynamique pour les nuls"...lol

Pour ce qui concerne la représentation phylogénétique via un mind-mapping, pas moyen de trouver un programme qui tienne compte de la longueur des bras, pourtant cela me semble être le meilleur moyen de "montrer", derrière l'arbre, l'écoulement de temps au fur et à mesure des différentes évolutions.
Sur les tableaux à ma connaissance, les "branches", représentant les taxons, ne sont pas placées selon le temps, mais selon la logique de la disposition sur le support papier. De visu, deux "longueurs de branche" identiques ne correspondent pas à un temps identique.
Mais ce sera peut être dur à réaliser, en même temps mind-mapping, en même temps un outil graphiquement précis.

dada

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Message par dada »
Macrophage a écrit :
Tu as pensé à utiliser des hash table? Sinon pour l'interface, MFC doit être largement suffisant non? (mais je ne crois pas que ça soit libre...)
Bonjour Macrophage.

Des hash table ?...j'apprend à l'instant de quoi il s'agit.
Bonne idée, mais alors je dois tout repenser d'une autre façon.
Je vais chercher de ce côté, mais j'ai un peu peur qu'en ajoutant de la complexité le contenu soit moins accessible à tous.

Hervé

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Message par Hervé »
dada a écrit :
Hervé, pour rechercher l'espèce X, en fonction de critères Y, la fonction de recherche du tableur ne serait-elle pas suffisante?
effectivement, un 'filtre automatique' sous excel c'est exactement ce qu'il faut!
merci
RV
Hervé Cochard

Hervé

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Message par Hervé »
Bonsoir,
je me suis renseigné auprès de son créateur (Jens Petersen), Mycokey est développé sous 4D...
RV
Hervé Cochard
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